Ninjutsu to najbardziej popularna sztuka ninja, jaką się praktykuje. Podstawą w wykonaniu technik tego stylu jest odpowiednia kumulacja chakry oraz jej uwolnienie i wykonanie pieczęci dłońmi. W asortymencie technik Ninjutsu znajdują się zarówno te ofensywne, jak i defensywne. Są także takie, których używa się podczas misji zwiadowczych i szpiegowskich.

Dzieki NinJutsu:
-Koszt czakry twojich NinJutsu spada o połowe
-Tworzenie nowych ninjutsu kosztuje o połowe mniej
-Siła NinJutsu dwa razy większa niź normalnie